東区は、1955年に札幌市に合併した札幌村の区域を引き継いで、1972年に設けられました。札幌市の区では、北区に次ぎ2番目に人口が多い。

江戸時代、もともと伏籠川（伏古川）上流付近（現在の苗穂町付近に相当する地域）には松前藩の知行地として石狩十三場所のひとつ「ナイホウ場所」が開かれ蝦夷の人々との交易が行われていました。

札幌村の開村は幕末に遡り、明治に建設された札幌市より古いのです。1866年（慶応2年）箱館奉行の命を受けた大友亀太郎ら数十人が現在の北13条東16丁目付近に入ったのが始まりです。
後にこの場所は石狩国札幌郡に属し札幌元村とよばれました。

1870年（明治3年） 羽前国、越後国から入植があり、札幌村の近くに居住した柏崎県からの入植者の区域を札幌新村といいました。
別に、酒田県（山形県）から入植した人々による苗穂村、丘珠村ができます。これらが合併して生まれたのが札幌村で、札幌市の北東郊外にある農村として発展しました。

札幌市の拡大につれて南西部から市街化され、1955年（昭和30年）に札幌市に合併。1972年（昭和47年）に札幌市が政令指定都市になったときの分区で、かつての札幌村の区域を引き継ぐ形で東区が置かれました。