妹背牛(もせうし)町名の由来は、アイヌ語のモセウシ（イラクサ・繁茂している・処）が転訛したものという説があります。
当初は「望畝有志」と表記されていましたが、1898年に現行の表記「妹背牛」に変更されました。
この地が開拓に入るのは華族組合農場からでした。
明治19年に道庁が設置され本格的に開拓が進められます。
「北海道土地払下規則」が公布され、これにより、華族や政商・豪農が大農場に参加していきます。
明治22年、御料地として全道に200万㌶が設定され、華族組合雨竜農場に5万㌶の払い下げを受けます。5万㌶と言ってもピンときませんが、現在の雨竜・北竜・新十津川・妹背牛町・深川市にまたがる面積で三条実美らが経営に当たりました。
しかし、労働不足から赤字となり、更に三条の急死により規模を縮小しましたが、資金難で明治26年に解散し、それぞれ農場を分立させました。
現在の深川・妹背牛にわたる菊亭農場の分割を受け、長岡出身の森源三が農場経営に乗り出しました。
明治24年に官職を辞した森は様々な事業に関わりますが、これもその一つでした。
明治26年、その地をさらに柳町・森・内田・本間・五井・巴・塚島農場に分け、7か所農場を設立します。
4年後には蜂須賀・小藤・千秋農場を設立、更に2年後に菊亭農場も作られ、次第に発展していきました。
大正12年、深川村から分村し妹背牛村と改称、昭和27年に町制を施行しています。
バレーボールで妹背牛が全国区に
昭和53年、第９回全国高校バレーボール選抜大会で妹背牛商業高校女子が初優勝し、以来選手を輩出、本道のバレーボール界のレベルアップに貢献しました。
過疎化や地域の少子化により平成21年に惜しまれつつも妹背牛商業高校は閉校しました。