町名の由来は、アイヌ語の「向こうの島」を意味する「イク・シリ」。

1454年（享徳3年)：松前藩祖・武田信広が漂着。1720年（享保5年）：新井白石の著書で「オクシリ」と記される。
明治18年：不漁時に酒に溺れる漁師を戒めるため、当時の戸長（町長）が罰金付きの禁酒令（～1890年）を出す。明治39年-釣懸村、赤石村、青苗村、薬師村が合併し奥尻村。昭和41年）-町制を施行して奥尻町となる。

島の基幹産業は、古くから水産業が盛んで「夢の島」「宝の島」と呼ばれ、明治末期まではニシン漁が主体であったが、近年はイカやホッケの近海漁業や、ウニ、アワビを中心とした磯根漁業が主であり、その豊富な海の幸を求めて観光客が増え、水産業と観光業に力が注がれています。 江差・せたな間の定期フェリー就航など、交通面を中心に島の生活環境の整備も進んでいたが、平成５年の「北海道南西沖地震」で壊滅的な被害を受けました。

「奥尻町災害復興計画」に沿った防災対策をはじめとする復興をわずか５年間で果たすことができ、平成１０年に「完全復興宣言」。